A、由分析可知，在研究生物的进化的过程中，化石是重要的证据，但不是唯一的证据，如胚胎学证据等，常用的研究方法是比较法，A错误；
B、越古老的地层中，形成化石的生物越简单、低等、水生生物较多．越晚近的地层中，形成化石的生物越复杂、高等、陆生生物较多，因此可以证明生物进化的总体趋势是从简单到复杂，从低等到高等，从水生到陆生．B正确；
C、由进化树可知，植物的进化顺序为藻类植物→苔藓植物→蕨类植物→种子植物，符合生物进化规律，C正确；
D、1860年，在德国巴伐利亚省的石灰岩层中，发现了第一个始祖鸟化石．始祖鸟的身体大小如乌鸦，它保留了爬行类的许多特征，例如嘴里有牙齿，而不是形成现代鸟类那样的角质喙；指端有爪等；但是另一方面，始祖鸟又具有鸟类的一些特征，如已经具有羽毛，在一些骨骼形态上也表现出一些鸟类特征或过渡特征，www.rixia.cc如它的第三掌骨已经与腕骨愈合，总之，它的身体结构既和爬行动物有相似之处，又和鸟类有相同之处，根据以上特征，科学家认为始祖鸟是由古代爬行类进化到鸟类的一个过渡类型，鸟类起源于古代的爬行类，D正确．
故选：A

由分析可知，在研究生物的进化的过程中，化石是重要的证据，但不是唯一的证据，如胚胎学证据等，常用的研究方法是比较法，越古老的地层中，形成化石的生物越简单、低等、水生生物较多．越晚近的地层中，形成化石的生物越复杂、高等、陆生生物较多，因此可以证明生物进化的总体趋势是从简单到复杂，从低等到高等，从水生到陆生．而在最古老的地层里，没有生物化石，说明地球最初没有生命的．http://www.rixia.cc
  1860年，在德国巴伐利亚省的石灰岩层中，发现了第一个始祖鸟化石．始祖鸟的身体大小如乌鸦，它保留了爬行类的许多特征，例如嘴里有牙齿，而不是形成现代鸟类那样的角质喙；指端有爪等；但是另一方面，始祖鸟又具有鸟类的一些特征，如已经具有羽毛，在一些骨骼形态上也表现出一些鸟类特征或过渡特征，如它的第三掌骨已经与腕骨愈合，总之，它的身体结构既和爬行动物有相似之处，又和鸟类有相同之处，根据以上特征，科学家认为始祖鸟是由古代爬行类进化到鸟类的一个过渡类型，鸟类起源于古代的爬行类．
故选：A

由分析可知，在研究生物的进化的过程中，化石是重要的证据，越古老的地层中，形成化石的生物越简单、低等、水生生物较多．越晚近的地层中，形成化石的生物越复杂、高等、陆生生物较多，因此证明生物进化的总体趋势是从简单到复杂，从低等到高等，从水生到陆生．
A、研究生物进化的主要方法是比较法，通过比较地层中生物化石的结构特点，研究生物进化的规律．故不符合题意．
B、在研究生物进化的过程中，化石是最直接的、比较全面的证据，化石是由古代生物的遗体、遗物或生活痕迹等，由于某种原因被埋藏在地层中，经过漫长的年代和复杂的变化而形成的．故不符合题意．
C、适者生存、不适者被淘汰．生物进化的主要原因是自然选择．故不符合题意．
D、生物进化的总体趋势是从简单到复杂，从低等到高等，从水生到陆生．而不是从复杂到简单．故符合题意．
故选：D．