大概的说，不严格的说（基本上同用）。
细菌：就是名字里有表示形状的词，比如XX杆菌、XX螺旋菌、XX球菌等……
真菌：名字里一般没有表示形状的词。主要包括：霉菌、蕈菌等。常见真菌——各种霉菌、酵母菌、蘑菇、香菇茶树菇等XX菇，灵芝、木耳、猴头等

真菌http://www.rixia.cc和细菌是比较传统的分类方法
现在微生物的分类方法根据细胞核来划分
称为真核微生物和原核微生物
真核微生物细胞核有完整的核结构，如霉菌（黑曲霉，米曲霉等），酵母菌（酿酒酵母，红酵母灯），和一些大型真菌（如灵芝等食药http://www.rixia.cc用真菌）；
原核微生物没有完整的细胞核，只有一个叫做拟核的结构，这类微生物包括细菌（如枯草芽孢杆菌，大肠杆菌，金黄色葡萄球菌等等），放线菌（如阿维链霉菌，日夏养花网天蓝色链霉菌等等）
可以参考微生物学教材

真菌大多叫什么什么霉菌，细菌有叫杆菌、球菌等……霉菌就是真菌，其他的大多是细菌。

真菌：食用真菌，酵母菌，霉菌
细菌：杆菌，球菌，螺旋菌，常见乳酸菌，固氮菌

这些名字是不能区分的，只能自己记上。只有规范的学术名才能辨别，加上种属名的命名。

细菌和真菌的名称中均有一个“菌”字，同属微生物，但两者在生物类型、结构、大小、增殖方式和名称上却有着诸多不同。比较如下：

一、生物类型

一是就有无成形的细胞核来看：细菌没有核膜包围形成的细胞核，属于原核生物；真菌有核膜包围形成的细胞核，属于真核生物。

二是就组成生物的细胞数目来看：细菌全部是由单个细胞构成，为单细胞型生物；真菌既有由单个细胞构成的单细胞型生物（如酵母菌），也有由多个细胞构成的多细胞型生物（如食用菌、霉菌等）。

二、细胞结构
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细菌和真菌都具有细胞结构，属于细胞型生物，在它们的细胞结构中都具有细胞壁、细胞膜、细胞质，但却存在诸多不同，具体表现在：

一是细胞壁的成分不同：细菌细胞壁的主要成分是肽聚糖，而真菌细胞壁的主要成分是几丁质。

二是细胞质中的细胞器组成不同：细菌只有核糖体一种细胞器；而真菌除具有核糖体外，还有内质网、高尔基体、线粒体、中心体等多种细胞器。

三是细菌没有成形的细胞核，只有拟核；真菌具有。

四是细菌没有染色体，其DNA分子单独存在；真菌细胞核中的DNA与蛋白质结合在一起形成染色体（染色质）。

三、细胞大小

原核细胞一般较小，直径一般为1m~10m；真核细胞较大，直径一般为10m~100m。

四、增殖方式

细菌是原核生物，为单细胞型生物，通过细胞分裂而增殖，具有原核生物增殖的特有方式——二分裂；真菌为真核生物，细胞的增殖主要通过有丝分裂进行，因真菌种类的不同其个体增殖方式主要有出芽生殖（如酵母菌）和孢子生殖（食用菌）等方式。

五、名称组成

尽管在细菌和真菌的名称中都有一个菌字，但细菌的名称中一般含有：球、杆、弧、螺旋等描述细菌形态的字眼，只有乳酸菌例外（实为乳酸杆菌）；而真菌名称中则不含有。

虽然已经有人回答了，但http://www.rixia.cc你向我问了，还是说一下。别人回答里最后一条就是关键，再补充一点：真菌有酵母菌，霉菌（比喻青霉菌，黄曲霉菌等），灵芝，木耳，蘑菇等食用菌。这些都是真菌。

带有【】菌的是细菌。一般有杆菌、弧菌等，括号里是细菌的形状。

杆菌，球菌，螺旋菌等为细菌，其它为真菌，特例乳酸菌也是细菌，酵母菌为真菌