光学显微镜最小能观察到细菌个体，而电子显微镜能观察到细胞内结构，最牛的可以观察到原子结构。

光学显微镜一般放大倍数只有40-1000倍（包括油镜）只能看到细胞的大概结构，如细胞核，植物细日夏养花网胞的大液泡等，但根据观察的材料不同也可看到其他的结构，如在果蝇唾液腺细胞中就能清楚地看到染色体结构。
电子显微镜分电子扫描显微镜和电子透射显微镜，一般能放大50000倍以上，扫描显微镜一般用来观察物体表面状况，比如细胞膜表面。而投射显微镜一般用来观察内部结构，比如肌肉细胞中的肌肉纤维。

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【电子显微镜】
电子显微镜按结构和用途可分为透射式电子显微镜、扫描式电子显微镜、反射式电子显微镜和发射式电子显微镜等。透射式电子显微镜常用于观察那些用普通显微镜所不能分辨的细微物质结构www.rixia.cc；扫描式电子显微镜主要用于观察固体表面的形貌，也能与X射线衍射仪或电子能谱仪相结合，构成电子微探针，用于物质成分分析；发射式电子显微镜用于自发射电子表面的研究。
【光学显微镜】
光学显微镜有多种分类方法：智泰按使用目镜的数目可分为三目，双目和单目显微镜；按图像是否有立体感可分为立体视觉和非立体视觉显微镜；按观察对像可分为生物和金相显微镜等；按光学原理可分为偏光，相衬和微分干涉对比显微镜等；按光源类型可分为普通光、荧光、红外光和激光显微镜等；按接收器类型可分为目视、摄影和电视显微镜等。常用的显微镜有双目连续变倍体视显微镜、金相显微镜、偏光显微镜、紫外荧光显微镜等。
双目体视显微镜是利用双通道光路，为左右两眼提供一个具有立体感的图像。它实质上是两个单镜筒显微镜并列放置，两个镜筒的光轴构成相当于人们用双目观察一个物体时所形成的视角，以此形成三维空间的立体视觉图像。双目体视显微镜在生物、医学领域广泛用于切片操作和显微外科手术；在工业中用于微小零件和集成电路的观测、装配、检查等工作。
金相显微镜是专门用于观察金属和矿物等不透明物体金相组织的显微镜。这些不透明物体无法在普通的透射光显微镜中观察，故金相和普通显微镜的主要差别在于前者以反射光，而后者以透射光照明。在金相显微镜中照明光束从物镜方向射到被观察物体表面，被物面反射后再返回物镜成像。这种反射照明方式也广泛用于集成电路硅片的检测工作。
紫外荧光显微镜是用紫外光激发荧光来进行观察的显微镜。某些标本在可见光中觉察不到结构细节，但经过染色处理，以紫外光照射时可因荧光作用而发射可见光，形成可见的图像。这类显微镜常用于生物学和医学中。
电视显微镜和电荷耦合器显微镜是以电视摄像靶或电荷耦合器作为接收元件的显微镜。在显微镜的实像面处装入电视摄像靶或电荷耦合器取代人眼作为接收器，通过这些光电器件把光学图像转换成电信号的图像，然后对之进行尺寸检测、颗粒计数等工作。这类显微镜的可以与计算机联用，这便于实现检测和信息处理的自动化，多应用于需要进行大量繁琐检测工作的场合。
扫描显微镜是成像光束能相对于物面作扫描运动的显微镜 。在扫描显微镜中依靠缩小视场来保证物镜达到最高的分辨率，同时用光学或机械扫描的方法，使成像光束相对于物面在较大视场范围内进行扫日夏养花网描，并用信息处理技术来获得合成的大面积图像信息。这类显微镜适用于需要高分辨率的大视场图像的观测。粗准焦螺旋：大范围上下调动镜筒。
【参考】http://baike.baidu.com/link?url=fQjFxUzzOpX4WvDROS4nDtu4v9STU6EZaMPhQq2j51fDrh5T5d3dGZiWvvYYBUpnwkCZstCV3x09F578VTUBV_
http://baike.baidu.com/l日夏养花网ink?url=qDQu_OWnPTctOICKNGSaKfjnsvBeykvkezpbSnc5HibSiTonv8GrGM日夏养花网RgzBpNdzH4FGrd2lJTYDCkjuTgEfN1nK

电子显微镜下，你可以看到细胞的所有结构以及亚结构，比如细胞膜、叶绿体、叶绿体的基粒、细胞核中的染色质（注意不是体）等等。
光学显微镜基本上很难看到亚结构。所以通过合理染色，你可以看到壁、膜、各种细胞器、核等。

亚显微结构在电镜下可见。细胞内的结构中只有细胞核在光镜下可见
线粒体、叶绿体、内质网、中心体、核糖体、高尔基体均只能在电镜下观察

电镜可以看到细胞的亚显微结构：细胞膜、叶绿体、叶绿体的基粒、染色质等都可看到。
光镜只能看到细胞器的轮廓（内部看不清）