植物活化石，是指在在地球史上出现过，而在地球上的大部分地方已经绝迹，只有在某些狭小的地区保存下来的植物。非常珍稀。

例如，植物中的活化石有：银杏，银杉，水杉，杜仲、金花茶, 水松，金钱松，珙桐等。

活化石，这个名词一开始是达尔文在1859年的《物种原始》一书中所提到的。对于活化石的定义各方观点不一，例如：

一个分类群在地质时代中绵延很长的一段时间：例如象鼩、澳洲肺鱼。与现生澳洲肺鱼一模一样的化石约有一亿年历史，这让一些人相信现生澳洲肺鱼自一亿年前到现在都存在着。（问题是，现生的澳洲肺鱼只有一种，根本无从得知该物种是何时形成的。）

长得像化石物种：如果有一个现生分类群在形态或生理上近似一个化石物种，而且这样的相似性（也就是形态演化上的停滞）在地质年代中保持很久，就是活化石。以腔棘鱼为例，它们目前生存在海水中，但是中生代的腔棘鱼则生存在河口与淡水中，由于腔棘鱼具有尿素滞留(urea retention)的生理特征，因此学者认为腔棘鱼的祖先出现在淡水，后期才进入海水。也就是说，有人认为形态演化停滞不意味着在生理调控上就是一模一样的。(但是，很多物种都和化石没两样，而且现生物种仍然很多)

保留许多祖征：例如节板蛛(Liphistius)的日夏养花网腹部与头胸部背方仍有分节骨片，是其它蜘蛛都没有的，就被认为是一个祖征。(但是，保留祖征的物种非常多，任何一个类群都有基群保留祖征)

孓遗族群：除了以上三个特质之外，如果再加上孓遗地理分布，就算是活化石。例如早期可能有很广的分布，然后在现在只剩下某些地方存在，肺鱼或是喙头蜥都吻合这个想法。(但是，只要有冰河洗刷过，就会让怕冷的大族群变成小族群，所以这些都算活化石吗？)
物种多样性低：如果要当活化石，就不能是现生物种还很多的，最好是少少的，剩下几种才像是一路绝灭剩下它的感觉。(但是你如何判断多样性低是因为绝灭者多？还是刚分化出来新支系？例如人类，现在只剩1种，而且还很新。)
而现代普遍的观点是把以上的定义合在一起：一般先发现化石再发现活体，或活体与确认的化石属同一种且同时存在。这些物种起源久远，在新生代第三纪或更早就有广泛的分布，而且从灭绝事件或地质、气候的改变下存活下来，并保留过去原始的特性，其大部分类似种已灭绝只存在于化石中。现存植物的形状和在化石中发现的植物基本相同，保留了其远古祖www.rixia.cc先的原始形状，且其近缘类群多数已灭绝，比较孤立，进化缓慢的植物便可称为孑遗植物或活化石，并不是单从植物年龄而决定。

植物中的活化石主要包括：

无油樟（Amborella trichopoda）

智利南洋杉（Araucaria araucana）

苏铁属（Cycas）

银杏（Ginkgo biloba）

木贼属（Equisetum）

水杉（Metasequoia glyptostroboides）

加州红木（Sequoia sempervirens）

巨杉（Sequoiadendron giganteum）

水松（Glyptostrobus pensilis）

松叶蕨（Psilotum）

百岁兰（Welwitschia mirabilis）

瓦勒迈杉（Wollemia nobilis）

日本金松（Sciadopitys）

水韭属（Isoetes）

珙桐（Davidia involucrata）

台湾杉（Taiwania cryptomerioides）

桫椤（Cyathea spinulosa）

笔筒树（CyatheTvilxa lepifera）