黄瓜种子表面甚至内部常常带有炭疽病、细菌性角斑病、枯萎病等多种病原菌，如果把带有病菌的种子播种后，很有可能导致幼苗或成株发病。所以播种前的种子消毒是十分必要的。
（1）温汤浸种将种子筛选整理干净，投入55～60℃的热水中烫种，不停地搅拌种子，当水温下降时，再加入热水，使水温始终保持在55℃左右，10～15分钟后把种子从水中捞出，置入30℃温水中再浸泡4～6小时，保证种子吸足水分。热水量约是种子量的4～5倍。浸种时可以在容器内放置一个温度计随时观察水状况。（2）福尔马林消毒把种子放入清水中浸泡2～3小时，再把种子放入100倍福尔马林溶液中，浸泡15～20分钟，捞出种子用湿布包好，放入密闭的容器中，闷2～3小时，充分发挥药剂杀菌效力，然后用清水将种子上的药剂冲洗干净，可以防止黄瓜炭疽病和枯萎病的发生。（3）高锰酸钾消毒日夏养花网将浸泡后的种子放入0.1%www.rixia.cc的高锰酸钾的溶液中浸泡30～60分钟，浸泡后即可进行催芽。（4）多菌灵消毒用50%多菌灵可湿性粉剂500倍溶液，浸泡种子半小时，然后用清水冲净后再浸种催芽，可防治多种病害。
此外，还可以使用70%的敌克松粉剂或50%二氯萘醌可湿性粉剂拌种，用药量为种子重量的0.2%，可防治黄瓜立枯病。

西瓜种子是传播西瓜病害的重要途径之一，多种病害都能通过种子带菌进行传播为害。因此，为控制和预防病害通过种子传染，在播种前需对种子进行消毒处理，主要方法有以下几种：
（1）药剂处理 用2%～4%的漂白粉溶液将西瓜种子浸泡半小时，捞出后用清水冲洗干净，可杀死种子表面的细菌；用50%的可湿性多菌灵粉剂配制500倍药液，将西瓜种子浸泡1小时后清水冲搓洗，可防止炭疽病日夏养花网等真菌病害；用10%的磷酸三钠溶液，浸泡西瓜种子20分钟，用水清洗干净，可钝化病毒活性，对防治西瓜花叶病毒有一定效果；用40%的福尔马林150倍液浸种30分钟，可预防枯萎病和蔓枯病。
（2）高温烫种 在两个容器内分别装入等量的冷水和开水，水量为准备处理种子量的3倍左右，先将种子倒入开水中，迅速搅拌3～5秒钟，然后立即倒入另一容器内的冷水并不断搅拌使水温降至30℃左右，然后在室温下浸种3～4小时，可杀死种子表面的病原菌。烫种时速度要快，时间不能太长，以免影响种子发芽率。
（3）温烫浸种 将西瓜种子放入55℃的温水（两开对一凉）中，不断搅拌15分钟，自然冷却降温后，浸种4～6小时。55℃为病菌的致死温度，浸烫种子后，可基本上杀死种子表面的病菌，也可钝化西瓜花叶病毒。
（4）强光晒种 选择晴朗无风的天气，将种子摊在席或纸等物体上，厚度不超过1厘米，使其在阳光下暴晒，每隔2小时左右翻动一次，使其受光均匀。晒种时不要放在水泥板、铁板或石头等物上，以免把种子烫伤而影响发芽率。晒种除有一定的杀菌作用外，还可促进种子后熟，增强种子的活力，提高种子的发芽势和发芽率。