1、育苗：采用盘式或床式育秧时，可将生物菌肥拌入育秧途中堆置三天，再装入育苗盘和育苗钉。营养钵育苗时，先将生物菌肥均匀拌入育苗土中，再装入营养钵育苗时。因育苗多在温室或塑料棚中进行，温湿度条件比较好，易于微生物繁殖生长，用量可比田间基肥的小一些。
2、基肥（底肥）：生物菌肥用量少，单施不易施匀，覆土之前易受阳光照射影响效果，有风天又会发生被风吹跑的问题。因此，用作基肥时在施用有机肥条件日夏养花网下，应将金宝贝微生物菌肥与有机肥按1：500—1.5：500的比例混匀，用水喷湿后遮盖，堆腐3-5天，中间翻到一次后施用。施用时要均匀施于垄沟内，然后起垄；如不施用有机肥，以1千克生物肥拌30-50千克稍湿润的细土，均匀施于垄沟内，然后即起垄覆土，注意与化肥隔开使用。在水田或旱田也可以均匀撒施于地表，然后立即耙入土中，不能长时间暴露在阳光下暴晒。
3、口肥：在施用有机肥或化肥做基肥的基础上，用生物菌肥做种肥，或掩播作物做种肥使用，刨掩后将拌有细土的生物菌肥施于掩中，再点种。
4、拌种：先将种子表面用水或用豆浆、红糖水喷湿润，然后将种子放入菌肥中搅拌，使种子表面均匀沾满菌肥后，在阴凉通风处稍阴干即可播种。拌种后不要放置在阳光下暴晒，也不要放置时间过长。拌种用菌肥量与种子大小有关，烟草等小粒种子，每千克种子50-100克即可，大粒种子需要量就多一些，拌有金宝贝菌肥的种子播种后也要立即覆土，防止阳光中紫外线杀伤菌肥中的微生物。
5、喷施：也是一种用于追肥的施用方法。将生物菌肥先用少量水浸泡4-6小时，然后再加水进行搅拌，搅拌后用较细目布或尼龙纱网布过滤，将虑清液喷施在作物叶背面和果实上。整个生育期中，根据作物生长情况结合作物营养临界期和最大效应期喷施2-3次。喷施时最好在傍晚或无雨的阴天。喷施追肥的方法适用于蔬菜和密播作物。喷施有明显增产效果，但效果一般要www.rixia.cc低于土壤施用效果。以土壤施用与喷施相结合效果最好。

（1）有效期。

存放时间超过有效期的微生物肥料不宜使用。

（2）温度。

施用菌肥的最佳温度是25～37℃，低于5℃，高于45℃，效果较差。同时还应掌握固氮菌最适温度土壤的含水量是60%～70%。

（3）地点。

对含硫高的土壤和锈水田（锈水来源于高硫煤层、硫铁矿、铅锌矿等富含金属硫化矿物的矿层或矿体，其内溶有较浓的硫酸亚铁和硫酸，因硫酸亚铁易被氧化产生褐铁矿将其流动通道染上锈色而得名。被锈水严重污染的河流和农田分别称http://www.rixia.cc为锈水河和锈水田），不宜施用生物菌肥。对于翻浆（春暖解冻时土壤表面发生裂纹并渗出水分和泥浆）的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果会好些。

（4）菌数。

有效活菌数达不到标准的微生物肥料不能购买，国家规定微生物菌剂有效活菌数≥2亿/克（颗粒1亿/克），复合微生物肥料和生物有机肥有效活菌数≥2000万/克。

（5）时间。

生物菌肥不是速效肥，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7～10天施用，效果最佳。

（6）混合。

应注意，不应将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥（如硫酸钾等）以及稻草灰混合用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。

（7）用量。

对于已多年施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减少化肥和有机肥的施用量。