急冻鸟：113号道路寒冰小径右上角，需要怪力术。
闪电鸟：流星瀑布最深处，绿宝石原版拿技能机器02“龙爪”的地方。
火焰鸟：冠军之路2层的右上角。
超梦：二周目，石之洞窟推石进入的洞里，与NPC对话选否获得破坏基因，之后去120号道路沉寂之窟。
梦幻：对战开拓区获得全部7个金象徽后与亚希达对话获得古老的海图，之后坐船去世界边缘。
雷公：新紫堇入口右拐。
炎帝：112号道路热焰小径左上角，需要怪力术。
水君：彩幽市瀑布洞。
洛奇亚：抓完关东三圣鸟后，去116道路的瀑布上的右边洞穴。
凤王：抓完城都三神兽后，去116道路的瀑布上的左边洞穴。
雪拉比：二周目，橙华森林湖中心的森林。
雷吉洛克：激活海底遗迹后111号道路沙漠最南端的沙漠遗迹。
雷吉艾斯：激活海底遗迹后105号水路西北方的小岛横穴。
雷吉斯奇鲁：激活海底遗迹后120号道路的古代坟墓。
海皇牙：同原版，二周目，询问天气研究所2楼的博士。
古拉顿：同原版，二周目，询问天气研究所2楼的博士。
裂空座：同原版，裂空座平息古拉顿、海皇牙战斗的剧情结束后，天空之柱顶楼。
拉迪亚斯、拉帝http://www.rixia.cc欧斯：二周目开始跟妈妈对话，选择的那个全地图随机遇；在水静市灯塔附近的水手处得到船票，之后坐船去南方小岛可捕捉没选的那个。
基拉祈：对战开拓区获得全部7个银象徽后与亚希达对话获得许愿星，之后去绿岭市，调查一块白色岩石。
迪奥西斯：击败坂木、交还4块陨石后，去绿岭市宇航中心2楼的博士处得到船票，之后坐船去诞生岛。
席多蓝恩（炎钢兽）：5.0版被删除。
雷吉奇卡斯：抓完雷吉洛克，雷吉艾斯，雷吉斯奇鲁后的海底遗迹。
迪亚鲁卡：三周目，寝龙镇源初之山顶部的静止之刻。
帕鲁奇亚：三周目，寝龙镇源初之山顶部的断空瀑布。
基拉帝纳：三周目，抓到超梦后到送神火山塔内顶楼，调查白色墓碑到达反转世界，战胜恶系道馆并捕捉盖诺塞克特后在反转世界尽头遇到。
克蕾塞莉娅：三周目，梦源镇右下角房子睡觉。
达克莱伊：三周目，月魇镇左上角房子睡觉。
玛娜菲：三周目光辉之海某处潜水，到深海之殿。
赛伊米：捕获基拉帝纳后的轮回镇一青年处获得冥界之花，再与绿荫镇右下角一女子对话获得感恩之花，最后去二周目缤纷之路的北面的花之海。
阿尔宙斯：捕获迪亚鲁卡，帕鲁奇亚和基拉帝纳，魅影摩天楼全部地区通过后击败艾沃利获得天界之笛，去源初之山顶部创世神殿（身上不得带大师球）。
维库提尼：三周目，红莲之窟最深处。
烈希拉姆：三周目，去沉默地下街调查神秘文字后，幻龙之塔左边的现实之间。
捷克罗姆：三周目，去沉默地下街调查神秘文字后，幻龙之塔右边的理想之间。
丘雷姆：5.0版被删除。
白色丘雷姆：三周目，抓完烈希拉姆和捷克罗姆并与阿库罗马交谈后，永冻之窟深处的调和之间。
黑色丘雷姆：三周目，抓完烈希拉姆和捷克罗姆并与阿库罗马交谈后，浅滩洞穴深处的调和之间。
凯尔迪奥：三周目谅解之路右边的清澈溪流顶部。
盖诺塞克特：反转世界断罪之间，需打败火箭队前研究员

神兽篇 急冻鸟：哈吉左边道路登瀑布 闪电鸟：流星瀑布最深处的更深处 火焰鸟：冠军之路 超梦：和石之洞窟某NPC对话得到破坏因子后的坏天气岩石(注意NPC的对话，选错的话超梦就没了) 梦幻：取下超梦身上的古代海图坐船(暂时无法捕捉) 水君：山优市瀑布洞 雷公：银叶发电厂 炎帝：火之捷径 洛奇亚：抓完3鸟后的(原)幻の象 凤王：抓完3兽后的(原)幻の象 雪拉比：天元森林冲浪 雷吉洛克：和原版一样 雷吉艾斯：同上 雷吉斯奇鲁：同上 拉迪亚斯、拉帝欧斯：1个和原版一样,另一个与阿田市水手对话得船票,坐船 固拉多、盖欧卡、裂空座：和原版一样 基拉祈：超能市白色陨石 代欧奇西斯：拿怪力术的洞窟冲浪 帝牙卢卡：看看洞退潮后的冰洞 帕路奇犽：流星瀑布新开洞 席多蓝恩：坐缆车的地方(2)后面 雷吉奇卡斯：神柱抓完后的吉纳左边潜水挖洞 骑拉帝纳原始形态：日落山大楼顶层白坟墓 骑拉帝纳其他形态：骑拉帝纳原始形态用月之石变身 克雷色利亚：在道吉睡觉 玛纳霏：双鹿市潜水 达克莱伊：在阿田睡觉(暂时无法捕捉) 洁咪：孵蛋之道洞窟 天空洁咪：洁咪用太阳之石变成天空洁咪 阿尔宙斯：捕捉帝牙卢卡、帕路奇犽、骑拉帝纳后,觉醒寺最底部(带着大师球的话他不会理你- -) 闪光篇 红色暴鲤龙：在沙孤乐园某池子里呆着 皮卡丘色的皮丘：沙孤乐园道路，需切树 暗黑洛奇亚：废弃船

雪拉比在天元森林中的湖中，需要用冲浪 Lv30
黑暗路基亚在废弃船拿仓库钥匙的房间 Lv70
炎帝：火焰近路洞穴深处，需要用怪力
雷皇：新银叶发电厂，有新路
水君：山优市下边的瀑布
急冻鸟：114号道路洞穴，需要用攀瀑
闪电鸟：流星瀑布最深处，需要用攀瀑
火焰鸟：斗士载入地下二层的洞穴，需要用碎岩、怪力
6只金、银守护神 Lv50
炎翼蛾：急冻鸟洞穴左边的屋子进入洞穴，一直往右走，哪里可以找到另一个化石，化石上面可以发现洞穴 Lv50
海皇牙/古拉顿/烈空座:同原版一样 Lv70
水晶大岩蛇：大挑战地区的图图犬洞穴刚进洞的岩石中
珍珠龙：流星瀑布最左上的洞里 Lv70
钻石龙：看看洞退朝后冰洞中 Lv70
鬼龙：在日落山山顶处，白墓碑中 Lv70
白神龙：火山缆车后的洞中（2.0版抓火钢兽的洞穴）Lv70
黑神龙：石之洞窟中的洞口 Lv70
灰神龙：哈吉镇右边有个明显的洞穴 Lv70
迪奥西斯：西吉隧道中有个通向诞生岛的洞，需要用冲浪
超梦：石之洞窟顶层的洞（不是送给代后信的那个洞穴）和里面的那个人对话，选择“否”之后，得到破坏因子，去日川市右边湖中有个洞穴（拿二骨秘籍的洞） Lv70
草刺猬：飞音镇右边有一个明显的山洞 Lv30
许愿星：在道吉市右边，一间屋旁的一块白色石头，与它对话 Lv30
红色鲤鱼龙：沙狐乐园中左边的一个水上，需要用自行车 Lv35
美梦神：通关后到阿田市宾馆2楼从女孩那得到三日月羽毛,然后在道吉镇右上方屋子睡觉 Lv50
恶梦神：阿田左上方有一个有变色龙和老爷爷屋子，同样在床上睡觉 Lv50
三神柱：同原版一样
创世神：抓完珍珠、钻石三神（帕路奇犽、帝牙卢卡、基拉帝纳）后，在觉醒寺中最底层（带大师球它不理你）

火钢,神柱王和玛纳霏只有在2.0及其以下版本捉。
席多蓝恩：坐缆车的地方(2)后面（限2.0及其以下版本）
雷吉奇卡斯：三神柱抓完后的吉纳左边潜水挖洞（限2.0及其以下版本）
玛纳霏：双鹿市潜水（限2.0及其以下RMgYFhVICQ版本）

雪拉比在天元森林中的湖中，需要用冲浪 Lv30
黑暗路基亚在废弃船拿仓库钥匙的房间 Lv70
炎帝：火焰近路洞穴深处，需要用怪力
雷公：新银叶发电厂，有新路
水君：山优市下边的瀑布
急冻鸟：114号道路洞穴，需要用攀瀑
闪电鸟：流星瀑布最深处，需要用攀瀑
火焰鸟：斗士载入地下二层的洞穴，需要用碎岩、怪力
6只金、银守护神 Lv50
炎翼蛾：急冻鸟洞穴左边的屋子进入洞穴，一直往右走，哪里可以找到另一个化石，化石上面可以发现洞穴 Lv50
海皇牙/古拉顿/烈空座:同原版一样 Lv70
水晶大岩蛇：大挑战地区的图图犬洞穴刚进洞的岩石中
帕鲁基亚：流星瀑布最左上的洞里 Lv70
迪亚鲁加：看看洞退朝后冰洞中 Lv70
骑拉迪纳：在日落山山顶处，白墓碑中 Lv70蕾希拉姆：火山缆车后的洞中（2.0版抓火钢兽的洞穴）Lv70
赛克罗姆：石之洞窟中的洞口 Lv70
奎雷姆：哈吉镇右边有个明显的洞穴 Lv70
迪奥西斯：西吉隧道中有个通向诞生岛的洞，需要用冲浪
超梦：石之洞窟顶层的洞（不是送给代后信的那个洞穴）和里面的那个人对话，选择“否”之后，得到破坏因子，去日川市右边湖中有个洞穴（拿二骨秘籍的洞）梦幻：取下超梦身上的古代海图做船 Lv70
草刺猬：飞音镇右边有一个明显的山洞 Lv30
许愿星：在道吉市右边，一间屋旁的一块白色石头，与它对话 Lv30
红色暴鲤龙：沙狐乐园中左边的一个水上，需要用自行车 Lv35
美梦神：通关后到阿田市宾馆2楼从女孩那得到三日月羽毛,然后在道吉镇右上方屋子睡觉 Lv50
恶梦神：阿田左上方有一个有变色龙和老爷爷屋子，同样在床上睡觉 Lv50
三神柱：同原版一样
创世神：抓完珍珠、钻石三神（帕鲁奇亚、迪亚鲁加、骑拉帝纳）后，在觉醒寺中最底层

呃，由于我现在不是电脑上，只可以凭记忆回答…
雪拉比在天元森林中用冲浪可获
路基亚DX在废弃船上左上的入口，（刚进去什么入口没进，单上了船）
绿宝原三神兽不变，不过有bug（除烈空座）劝你开瞬移离开
三只银守护兽，水君在斗士载入那岛上的瀑布下，有个小洞，上去后，用冲浪顺瀑布往下可进
雷公在发电厂最右上
炎帝在火山近道深处，
三只金守护兽，火鸟在斗士载入的深处，大概在第二层的靠右的位置
冰鸟在收集火山灰那，在老伯带着只皮皮犬那湖过去，可收
雷鸟在流星瀑布深处，（有一条往上走的梯http://www.rixia.cc，我之前以为是走过，找不到，一直逛圈，作者骗人很厉害）
珍珠在打完四天王后，去流星瀑布最左上的洞里，钻石忘了，不过可以去冰鸟那往右走会遇到一个非常明显的洞可以抓灰神龙
黑中的神兽也是打完四大天王去火山缆车后的洞中有收，很帅吖，白的神兽在山木市的洞穴深处。。。。
迪奥西斯在刚开始岩石系道馆日夏养花网往右的山洞中，在山洞靠下方，山洞上的是有一个人，按否，他会给你破坏因子，这样可以收超梦
草刺猬在飞音一个明显的山洞
许愿星在道吉右边，一间屋旁的一块石头，与它对话，会进去收
鬼龙在日落山顶处，有个格斗家那层，在那层下面有个很白的墓碑，一对话去到收
红色鲤鱼龙在沙狐乐园，在园中左边的一个水上，很明显的
美梦神在屋出来第一个镇右上的屋进去，对着床去睡觉，自动去收
恶梦神在阿田上方一个有变色龙的老伯屋子，同样睡觉，就会去收，
神柱一样
创世神在觉醒寺中最底层，很难抓，我都没抓着。。作者还P得很搞笑。。“人类啊。。把你们的大师球收回去再来见我吧。。”因此我抓不到100J

这是我找的
神兽篇
急冻鸟：哈吉左边道路登瀑布
闪电鸟：流星瀑布最深处的更深处
火焰鸟：冠军之路
超梦：和石之洞窟某NPC对话得到破坏因子后的坏天气岩石(注意NPC的对话，选错的话超梦就没了)
梦幻：取下超梦身上的古代海图坐船
水君：山优市瀑布洞
雷公：银叶发电厂
炎帝：火之捷径
洛奇亚：抓完3鸟后的(原)幻の象
凤王：抓完3兽后的(原)幻の象
雪拉比：天元森林冲浪
雷吉洛克：和原版一样
雷吉艾斯：同上
雷吉斯奇鲁：同上
拉迪亚斯、拉帝欧斯：1个和原版一样,另一个与阿田市水手对话得船票,坐船
固拉多、盖欧卡、裂空座：和原版一样
基拉祈：超能市白色陨石
代欧奇西斯：拿怪力术的洞窟冲浪
帝牙卢卡：看看洞退潮后的冰洞
帕路奇犽：流星瀑布新开洞
席多蓝恩：坐缆车的地方(2)后面
雷吉奇卡斯：神柱抓完后的吉纳左边潜水挖洞
骑拉帝纳：日落山大楼顶层白坟墓
克雷色利亚：在道吉睡觉
玛纳霏：双鹿市潜水
达克莱伊：在阿田睡觉
洁咪：孵蛋之道洞窟
阿尔宙斯：捕捉珍钻的3神后,觉醒寺最底部
闪光篇
红色暴鲤龙：在沙湖乐园某池子里
皮卡丘色的皮丘：沙湖乐园道路，需切树
暗黑洛奇亚：废弃船

口袋妖怪411漆黑的魅影手打简要攻略，不懂的可以问我。
神兽篇（未通关可抓）
雪拉比：天元森林冲浪，30级。
火钢兽：缆车终点处，绕过房子即可，50级。
草刺猬：西达镇右边的洞，30级。
吉拉祈：道谷市白色陨石，30级。
迪奥西斯：西达洞穴冲浪，不听话的，50级。
超梦：在送代后信洞穴，有个要用怪力术推开的地方，和里面的人说话，选择不，得到破坏因子，然后去日川市右边的坏天气洞穴（原来拿二骨秘籍的），70级。
天空龙：触发双鹿剧情后，天柱最上层，70级。
玛纳非：双鹿潜水处，30级。
火焰鸟：冠军之路2层洞穴。
急冻鸟：哈吉镇左边攀瀑布。
闪电鸟：流星瀑布最深处，拿龙爪秘籍那。
雷王：银日夏养花网叶发电厂，有新路的。
水君：上山优市瀑布处。
炎帝：火焰近路。
以上3神鸟神兽全部50级。
抓完三神鸟神兽后。
洛基亚：金水西吉隧道下面草地，要登瀑布。70级。
凤凰：同上。70级。
一个在左一个在右。
恶梦神我没去测试可以未通关抓不，但是美梦神有BUG抓不到。
恶梦神：阿田右边屋子睡觉。50级。
美梦神：通关后在阿田有两层楼的屋子，2楼那女孩拿三日月之羽，然后道谷睡觉，亲测没用……
通关篇
古拉顿：和原来一样，去天气室找研究员，在XX路有坏天气，去那路找洞穴。70
海王牙：同上。
鬼龙：日落山屋子最上层，白色墓碑。
三神柱：原版一样。
圣柱王：开启三神柱洞穴里面，必须抓到三神柱。
梦幻：超梦身上海图，然后坐船，30级。
双水都：一个在阿田水手拿票坐船（50级），一个通关后随机遇（40级）。
钻石龙：看看洞退潮，（我玩的怎么都不会动的时间。）
珍珠龙：流星瀑布新的洞穴（代后在那的洞穴左边）
创世神：抓完珍钻三神（钻石龙我抓不到，可能又是bug)，在双鹿觉醒寺。
闪光宠
红色暴鲤龙：沙狐乐园水池。
黑色洛基亚：废弃船仓库。
闪光皮丘：阿田左边路上。
《技巧》
鬼龙用月亮石变形态，草刺猬用太阳石变形态，可用太阳石变回去。石头在山优联盟可以买。
大师球在大挑战区1万一个，奇异糖果8000一个。
刷钱，刷记者，银叶上路，右路，日川右路。一次3000多，带双倍有7500
通关后可打小智，代后，渡（龙系大哥）
还有不懂的留言问吧。

神兽篇
急冻鸟：哈吉左边道路登瀑布
闪电鸟：流星瀑布最深处的更深处
火焰鸟：冠军之路
超梦：和石之洞窟某NPC对话得到破坏因子后的坏天气岩石(注意NPC的对话，选错的话超梦就没了)
梦幻：取下超梦身上的古代海图坐船(暂时无法捕捉)
水君：山优市瀑布洞
雷公：银叶发电厂
炎帝：火之捷径
洛奇亚：抓完3鸟后的(原)幻の象
凤王：抓完3兽后的(原)幻の象
雪拉比：天元森林冲浪
雷吉洛克：和原版一样
雷吉艾斯：同上
雷吉斯奇鲁：同上
拉迪亚斯、拉帝欧斯：1个和原版一样,另一个与阿田市水手对话得船票,坐船
固拉多、盖欧卡、裂空座：和原版一样
基拉祈：超能市白色陨石
代欧奇西斯：拿怪力术的洞窟冲浪
帝牙卢卡：看看洞退潮后的冰洞
帕路奇犽：流星瀑布新开洞
席多蓝恩：坐缆车的地方(2)后面
雷吉奇卡斯：神柱抓完后的吉纳左边潜水挖洞
骑拉帝纳原始形态：日落山大楼顶层白坟墓
骑拉帝纳其他形态：骑拉帝纳原始形态用月之石变身
克雷色利亚：在道吉睡觉
玛纳霏：双鹿市潜水
达克莱伊：在阿田睡觉(暂时无法捕捉)
洁咪：孵蛋之道洞窟
天空洁咪：洁咪用太阳之石变成天空洁咪
阿尔宙斯：捕捉帝牙卢卡、帕路奇犽、骑拉帝纳后,觉醒寺最底部(带着大师球的话他不会理你- -)
闪光篇
红色暴鲤龙：在沙孤乐园某池子里呆着
皮卡丘色的皮丘：沙孤乐园道路，需切树
暗黑洛奇亚：废弃船