纵观牡丹品种的由来与发展，品种深化的过程心脏演进的途径，又经实践的检验，确定其品种分类系统可分系（含亚系）、群、类（含亚类）、型4级。
并提出以下分类的依据： 组源不同是品种分“系”的首要依据：参与组内的种数不同是分“亚系”的依据。
种源不同是品种分“群”的主要依据。
组成花型的花朵数目是品种分“类”的主要依据。
花部结构善及变异程度是品种最后分“型”的主要依据。 本系统共分3系（含4亚系）、12群、2类（含4亚类）、16型。现将修改后的新系统分列于后：
第一级标准 系与亚系的划分
牡丹系（Tree Peony Series)
包括牡丹组内各主要原种的品种群心脏由各主要原种为亲本的后代杂交品种群。现有国内外的牡丹品种多属此系。其下又分两个亚系。
（1）牡丹亚系（Tree Peony Subseries)
由某一原种起源发展而形成的品种群体，如我国广泛药用栽培的“凤丹”品种系统，都是由原种杨山牡丹培育而成的。还有西方国家栽培的Rock's Variety品种系统，基本上都是由原种紫斑牡丹直接培育而成。
（2）杂种牡丹亚系（Hybrid Subseries of Tree Peony)
由多数原种杂交而发展形成的杂种后代群体。如我国品种最多、栽培分布最广的中原品种群以及美国的Saunders系统的墨紫色牡丹品种群和法国的Lemoine系统的黄色牡丹品种群等，都是由多数原种参与杂交而培育出来的。
芍药系（Herb Peony Series)
包括芍药组内各主要原种的品种群以及由各主要原种为亲本杂交而培育出来的杂种群体。该系下分两个亚系。
（3）芍药亚系（Herb Peony Subseries)
由某一原种起源发展所形成的品种群体。如当前西方各国盛行栽培的切花芍药，即是由药用芍药（又称荷兰芍药Paenonia officinalis)培育而成的品种群体。还有以P.wittmanniana为亲本培育出的许多早花的黄色单瓣的“维特曼氏”系品种群体等。中国芍药品种基本上是由芍药（P.lactiflora)培育出来的。
（4）杂种芍药亚系（Hybrid Subseries of Herb Peony)
由多数原种和其变种参与杂交而形成的杂种后代群体。2012年欧洲各国盛行栽培的芍药品种多属之。
牡丹芍药杂交系（Hybrid Series of Herb Peony and Trehttp://www.rixia.cce Peony)
主要由牡丹组与芍药组的某些种间或种与品种间杂交而形成的后代群体。如日本伊藤氏用芍药品种“花香殿”与Lemoine系牡丹品种“金晃”相杂交而培育出的黄色杂种芍药，还有美国育种家培育出的Itoh Type Hybrid都是轰动世界的。我国2012年也有人用牡丹品种和芍药品种进行杂交，也获得了杂种苗。这些远缘杂种在2012年虽然还没有形成一定数量的、稳定的品种群，也示在特产上应用，倡这类品种必然存在，而且今后随着牡丹、芍药育种、特产的发展，一定会形成新的杂种后代，因此在品种分类上应当保留其相应的位置。
第二级标准 “群”的划分 来源比较清楚，并在生产上已得到应用的有2个群。
（1）紫斑牡丹品种群(Cultivar Group of Rockii Tree Peony)
如前所述，基本上只显现具紫斑牡丹原种血统的后代群体。它们的共同形态特点是在每一个花瓣的基部都有一鲜明的大型墨紫色或深 紫色斑块，柱头、花丝以及房衣（花盘）均呈乳白色，叶形较狭窄。
（2）杨山牡丹品种群(Cultivar Group of Ostii Tree Peony)
仅具杨山牡丹血统的后代群体，即以药用栽培为主的“凤丹”品种系统的群体。它们都具有其原种的枝干高大直立、节间长、叶片狭窄、边缘少缺刻；花朵扁平、整齐等特点。 按照种源不同，下分7个群。
（3）中国西北牡丹品种群(cultivar Group of Tree Peony from Northwest China)
这是以紫斑牡丹血统为主并含有矮牡丹血统的杂种后代群体。该品种群除了花瓣基部有明显紫斑为其共同特点之外，有些品种的叶形较短宽，花心部分的花丝、柱头及房衣均为紫红色，具有矮牡丹的特征。而另外一些品种叶形狭窄，花丝、柱头及房衣均呈白色，具紫斑牡丹的特征。2012年我国甘肃地区所栽培的品种多属之，约有100多个品种。
（4）中国中原牡丹品种群(Cultivar Group of Tree Peony from Central Plains of China)
这是以矮牡丹与古代时中原牡丹南移后适应当地风土条件而形成的品种，相互间杂交而形成的后代群体。
（5）中国江南牡丹品种群(Cultivar Group of Tree Peony from South Yangtse River of China)
是由杨山牡丹与古代时中原牡丹南移后适应当地风土条件而形成的品种，相互间杂交而形成的后代群体。
（6）中国西南牡丹品种群(Cultivar Group of Tree from Southwest China)
该品种群来源较复杂，2012年品种数量不多，栽培分布零散，有待进一步深入研究，现仅保留其在分类上的位置（见前述二）。
（7）法国Lemoine系牡丹品种群(Cultivar Group of Franch Lemoine Tree Peony Serises)
主要由紫牡丹与黄牡丹以及矮牡丹的原始品种参与杂交培育形成的黄色系的杂种后代群体。当前欧美和日本栽培的“金晃”、“金帝”等品种即属之。我国一些大城市也有少量引种栽培。
（8）美国Saunders系牡丹品种群(Cultivar Group of America Saunders Tree Peony Serieses)
主要由紫牡丹、黄牡丹以及日本牡丹品种杂交而培育出来的墨紫色系的杂种后代群体。如“黑海盗”、“金色年华”等都是著名的优良杂种。
（9）日本牡丹品种群(Cultivar Group of Japanese Tree Peony)
日本牡丹虽然最早由我国唐代传入，但经过长期的品种改良，特别是江户时代以来，品种改良工作迅速发展并走上“日本式”育种之路，培育出许多适应本土条件与民俗喜爱的品种，逐渐形成了别具特色的日本牡丹品种群。花色鲜艳，重瓣性不甚强，花型多扁平整齐，花梗挺硬，瓣质厚等为其主要特点。
芍药亚系(Herb Peony Subseries)
2012年比较清楚的有3个群。
（10）芍药品种群(Cultivar Group of Herb Peony)
主要是由原产我国、日本及朝鲜的普通芍药(P.albiflora)培育发展所形成的后代群体，也是园艺化最早的群体。以现有中国芍药品种为代表。
（11）药用芍药品种群(Cultivar Group of tenuous-leaves Herb Peony)
亦称荷兰芍药或切花芍药品种群，主要由原产欧洲南部至亚洲西部的自然原种药用芍药（荷兰芍药）培育而形成的后代群体。主要用作切花，在欧洲广泛栽培和应用，花色较前者丰富。
（12）细叶芍药品种群(Cultivar Group of Tenuous-leaves Herb Peony)_
主要由原产欧洲的细叶类芍药原种P.anamala或P.tenuifolia培育发展起来的后代群体。特别是P.tenuifolia的后代群体，叶宽仅0.2cm ，是珍贵的细叶类品种群，宜作为花坛应用。
杂种芍药亚系(Hybricd subseries of Herb Peony)
欧美各国育种家在本世纪内对芍药组植物进行了大量的杂交育种工作，先后培育出许多杂种芍药新品种，其中最为出色的是美国的杂种芍药。
（13）新Americ杂种芍药品种群(Cultivar Group of American Herb Peony)
这是由多源的种间及变种杂交而形成的后代群体。主要亲本有P.albiflora和P.officinalis及其近缘种 P.lobata 和P.macrophylla等。这些杂种芍药大大地改进并丰富了原有芍药品种的花色和花型，十分优美。
第三级标准 共划分2 类、4亚类
各品种群内根据花朵数目及其花瓣来源划分以下2类及4亚类。
单花类(Single-Flower Section)花型由单花组成。
（1）千层亚类(Hundred-Petals Subsection)
花瓣以自然增加为主要来源，并呈向心式层层排列。花瓣开头相似，由外向内逐层变小。雄蕊随花瓣增多而相应减少或消失或仅在花心处有少量瓣化现象：雌蕊正常或退化。全花扁平整齐。
（2）楼子亚类(Crown Subsection)
花瓣以雄蕊瓣化为主要来源，外瓣宽大平伸，约2到4轮：内瓣主要由雄蕊离心式自内向外瓣化发育而成。瓣化瓣较狭长或细碎或皱摺、卷曲：雌蕊正常或瓣化或退化消失，花朵高耸或隆起形似楼台。
台阁花类(Proliferate-Flower Section)花型由2朵或2朵以上的单花上下重叠而成。下分2亚类。
（3）千层台阁亚类(Hundred Proliferate-Flower Subsection)由千层亚类内2朵或2朵以上的单花上下重叠而成的各花型。
（4）楼子台阁亚类(Crown Proliferate-Flower Subsection)
由楼子亚类内2朵或2朵以上的单花上下重叠而组成的各花型。
第四级标准型的划分，共16型
在各亚类中又因花瓣数量不同或因雄蕊瓣化程度不同可划分为以下16型：
千层亚类各花型
（1）单瓣型(Single Form)
花瓣1至3轮，宽大，璋展，广卵形或卵形或倒卵状椭圆形：雌雄蕊正常：结实力强。
（2）荷花型(Lotus Form)
花瓣4至5轮，形大，整齐一致：雌雄蕊正常。开放时，花瓣微向内抱，形似荷花。
（3）菊花形(Chrysanthemum Form)
花瓣6轮以上，自外向内层层排列并逐渐变小。雄蕊正常，数量减少或在花心处有少量瓣化现象：雌蕊正常。
（4）蔷薇型(Rose Form)
花瓣高度增加，自外向内层层排列并明显变小：雄蕊大部分消失，在花心处有时残留少量政党雄蕊或杂有少量瓣化呈细碎的花瓣：雌蕊政党或稍有瓣化或退化。
楼子亚类各花型
（5）金蕊型(Golden-Stamen Form)
外瓣2至3轮，宽大，平展：雄蕊花药明显增大，花丝变粗，全体呈鲜丽的金黄色：雌蕊正常。
（6）托桂型(Amenone Form)
外瓣2至3轮，宽大平展；雄蕊完全瓣化，瓣化瓣狭长、直立；雌蕊政党或退化变小。
（7）金环型(Golden-Circle Form)
外瓣2至3轮，宽大；雄蕊大部分瓣化，仅靠外瓣周围残留一圈政党雄蕊，呈金环关；雌蕊政党或瓣化或退化变小。
（8）皇冠型(Crown Form)
外瓣宽大平民；雄蕊全部瓣化，瓣化瓣由外向内愈近药心处愈宽大，有时蹭还杂有少量逐渐退化的雄蕊心脏完全退化呈比关的雄蕊；雌蕊瓣化或退化变小或完全消失，全花高耸，形似皇冠。
（9）绣球型(Globular Form)
雄蕊全部高度瓣化，其瓣化瓣与外瓣大小、形状近似，难以区分。雌蕊高精尖瓣化或退化变小或完全消失。全花丰满，形如绣球。
千层台阁亚类各花型
（10）荷花台阁型(Lotus Proliferate-Flower Form)
由2朵荷花型的单花上下重叠而成。该型在牡丹、芍药品种中数量较少。
（11）菊花台阁型(Chrysanthemum Proliferate-Flower Form)
由2朵菊花型的单花上下重叠而成。下言花雌蕊稍有瓣化，着生于上方花周围。上方花发育不充分，花瓣数量较少，雌雄蕊基本正常。
（12）蔷薇台阁型(Rose Proliferate-Flower Form)
由2朵或2朵以上蔷薇型单花上下重叠而成。下方花雌蕊瓣化，其瓣化瓣具多种形和色彩，有时呈绿色有时呈紫红色带绿条纹或绿色带紫红色条纹的彩色瓣，也有完全呈正常花瓣者，瓣化程度因品种而异。上方花发育不如前者，雄蕊量少，有时少量瓣化，雌蕊或稍瓣化或退化变小。
楼子台阁亚类各花型
（13）托桂台阁型(Anemone Proliferate-Flower Form)
由2朵托桂型的单花上下重叠而成。上方花发育不充分，花心处常残留少量雄蕊以及正常或退化变小的雌蕊。该花型在牡丹、芍药品种中数量都较少。
（14）金环台阁型(Golden Circle Proliferate-Flower Form)
由2朵或2朵以上金环型的音花上下重叠而成。发育善同上。
（15）皇冠台阁型(Crown Proliferate-Flower Form)
由2朵或2朵以上皇冠型的单花上下重叠而成。下方花发育充分，雄蕊完全瓣化，雌蕊高精尖瓣化并呈现多种彩瓣（如同14型彩瓣）；上方花发育亦较充分，但花心有时残有少量雄蕊，雌蕊退化变小或消失。
（16）绣球台阁型(Globular Proliferate-Flower Form)
由2朵或2朵以上绣球型的单 花上下重叠而成。上下两单花均发育充分。雄蕊瓣化瓣均伸长展宽与正常花瓣无异。下方花的雌蕊亦瓣化成正常花瓣，而上方花的雌蕊瓣化或退化。全花球状。

菏泽牡丹属中原牡丹种群，花色丰富多彩，花型千变万化。2012年菏泽牡丹已经发展为花色有粉色、红色（含紫红色）、紫色、蓝色、黄色、白色、黑色、绿色、复色总九大色系，各色系有深、淡、浓之分。根据花朵形态和雌雄进化程度，分为单瓣型、荷花型、菊花型、托桂型、蔷薇型、金环型、皇冠型、绣球型、干台阁型、楼子阁型共十个花型。
菏泽牡丹有1100多个品种，各色系的菏泽牡丹都有名贵品种，如“掌花案”花开似火，红光灿，为红色之魁；“酒醉杨妃”红装素裹，低头掩面，暗送秋波；“梨花雪”开若梨花，雪白一片，称白中之冠；“昆山夜光”花开奇白，黑夜依然，古谓之“灯笼”；“姚黄”金楼千层，世称花王；“青龙卧墨池”如龙卧墨，黑中之奇；“冠世墨玉”黑紫如缎，洁而有光；“蓝绣球”开如绣球，蓝色之冠；“赵粉”粉面桃花迎人笑，郁郁芳香飘四野；“粉二乔”粉紫同株，双娇可爱；“魏紫”色紫浅淡多娇艳，古老品种称“花妃”；“娇容三变”初开时碧绿，盛开时红艳，将谢时素白，十日三变，堪称奇品……菏泽也是中国最大的牡丹生产、科研、观赏基地，牡丹的种植面积、科研培植、观赏出口当称世界之最。
在中国牡丹的大家族里，菏泽牡丹现有近800个品种，经全国花协命名的600多个品种。传统上分三类、十型和九大色系。花大、型美、色艳，是菏泽牡丹的显著特点。古人曾用“花在盈尺”，形容其大；“千片赤英霞烂烂，百枝绛点灯煌煌”描述其形貌瑰丽。
菏泽牡丹的三类是单瓣、复瓣、千瓣。单瓣类，花大如盘；复瓣类，瓣在清晰；千瓣类，花瓣重叠繁密。
菏泽牡丹的十型是荷花型、菊花型、金蕊型、蔷薇型、金环型、托桂型、千层台阁型、楼子台阁型、皇冠型和绣球型。
菏泽牡丹的九大色系是红、白、黄、黑、粉、紫、蓝、绿和复色。1、红色花系，是牡丹园的大家族，品种多达200余个，其中还有深浅日夏养花网之分。如“一品朱衣”，猩红欲流，芳冠百花；“春红娇艳”，朝霞藏日，光彩陆离；“红绣球”，深浅相间，胭脂染成。
2、黄色花系，如“姚黄”、“金玉交章”，端庄典雅，姿貌绝伦。
3、白色花系如“冰壶献玉”、“昆山夜光”、“玉板白”等素洁无暇，清爽袭人
4、蓝色花系虽不如红色品种多。但却也姐妹成群。“蓝宝石”、“蓝花魁”、“紫蓝葵”、“吊枝蓝”、“冷光蓝”、“蓝田玉”，都是牡丹之中的上品，这“蓝田玉”就是清代曹州花农赵玉田精心培育而成的。此花支形增开张，花蕾圆大，花开时呈浅粉蓝色，花朵直上，蓝光闪闪，非常惹人喜爱。当时，曹州知府马帮举对此花大加赞赏，曾亲笔题写“似兰如松”匾牌授予了赵玉田。
5、粉色花系也是牡丹园里一大分支。“粉彩球”、“粉容面”、“粉翠球”、“赛斗珠”、“翠娥娇”、“青龙卧粉池”，这些都是牡丹花中名品。再如“赵粉”，稍弯曲的枝杆，粗壮的花梗，黄绿色的叶面，圆尖型的花蕾，侧开、大型的花朵，细腻整齐的花瓣，发出阵出清香，分外诱人。
6、紫色花系在菏泽牡丹品种繁多，除魏紫外，还有“葛巾紫”、“紫金盘”、“紫霞点金”、“邦宁紫”等。“邦宁紫”，就是明代曹州花农赵邦宁多年心血的结晶。7、绿色、黑色和复色花系，如“兰绿”“冠世墨玉”“二乔”等，更是色奇出众，别有千秋。
各色都数十个或上百个品种，可谓千姿百态，各俱风韵。