微生物菌肥是里面加入了有益微生物菌类的肥料，有机肥则没有加。申请的程序也不一样。

微生物菌肥是在有机肥的基础上增加了有益微生物的肥料，有益微生物主要包括固氮、解磷、解钾、抗病源菌、抗重茬之类的菌株，不同品牌的微生物菌肥具有的功能也不尽相同。
从登记程序来看，微生物菌肥需要到农业部登记，有机肥在省土肥站就能登记。

涉及微62616964757a686964616fe78988e69d8331333330363863生物的 肥料产品分为三大类：

一、微生物菌剂

对应的标准是《农用微生物菌剂GB20287-2006》，包括农用微生物菌剂和有机物料腐熟剂两大类产品。
农用微生物菌剂的主要技术指标是：有效活菌数(cfu)，亿/g(mL) ≥2.0（颗粒≥1.0）；其中复合菌剂，每一种有效菌的数量不得少于0.01亿/g(mL)；以单一的胶质芽胞杆菌（Bacillus mucilaginosus）制成的粉剂产品中有效活菌数不少于1.2亿/g。
农用微生物菌剂有杂菌率的要求，液体≤10%，粉剂≤20%，颗粒≤30%。粉剂的含水量要求≤35%，颗粒的含水量≤20%。

有机物料腐熟剂的主要技术指标是：有效活菌数(cfu)，亿/g(mL) ≥0.5，（液体≥1.0）；纤维素酶活（以农作物秸秆类为腐熟对象测定纤维素酶活），U/g（mL） ≥30U，蛋白酶活（以畜禽粪便类为腐熟对象测定蛋白酶活），U/g（mL） ≥15U。

农用微生物菌剂和有机物料腐熟剂的保质期均为6个月（液体剂型的为≥3个月）

二、复合微生物肥料

对应的标准是《复合微生物肥料NY/T 798—2004》。
复合微生物肥料是指特定微生物与营养物质复合而成，能提供、保持或改善植物营养，提高农产品产量或改善农产品品质的活体微生物制品。
其主要技术指标是：有效活菌数(cfu)，亿/g(mL) ≥0.2（液体≥0.5）；含两种以上微生物的复合微生物肥料，每一种有效菌的数量不得少于0.01亿/g(mL)。
总养分（N+P2O5+K2O），%≥6.0%（液体≥4.0）。这里还有一条，总养分应该不超过25%。虽然标准里没有明确规定，但是管理部门目前是按照这个标准执行。下一版的标准修订后应该会出现相应的数据。
复合微生物肥料同样也有杂菌率的要求，液体≤15%，粉剂和颗粒≤30%。粉剂的含水量要求≤35%，颗粒的含水量≤20%。

复合微生物肥料的保质期为6个月（液体剂型的为≥3个月）

三、生物有机肥

对应的标准是《生物有机肥NY 884-2012》
生物有机肥指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
其主要技术指标是：有效活菌数(cfu)，亿/克 ≥0.2；有机质（以以干基计），%≥40%；水分≤30%。
生物有机肥的保质期为6个月；对杂菌率没有要求。

综上所述可以看到，官方发布的标准里没有你提到的“微生物有机肥”这一类产品，我理解你的产品归属于《生物有机肥 NY884-2012》应该比较合适。
《农用微生物菌剂》的菌含量、杂菌率等质量要求是最高的，但是没有有机质的要求。
如果你的产品是“生物有机肥”，而一定要执行“农用微生物菌剂”的国家标准，等于是将产品的技术参数提高了10倍；同时，你的原料必须经过高温灭菌才能保证杂菌率达标（一般的有机质中杂菌含量都超标）。这些都会大幅度增加你的成本。
因此，建议执行《生物有机肥NY884-2012》不建议执行《农用微生物菌剂GB 20287-2006》。

你可先将产品与《 NY 884-2012生物有机肥》比对一下，看《 NY 884-2012生物有机肥》标准是否适用回于你答的产品，若适用的话可直接采用《 NY 884-2012生物有机肥》标准，若不适用的话，就应该根据产品特点、特性编制企业标准、并备案后，作为产品的执行标准。

不可以
GB 20287-2006 （ 农用微生物菌剂） 是菌的标准
微生物有机肥是肥料

2012年6月6日中华人民共和国农业部公告第1783号颁布新的版本：NY 884-2012《生物有机肥》，并从2012年9月1日起实施，

有机肥料
（NY-525-2012）-行业标准
指主要是来源于植物和（或）动物，经过发酵腐熟的含碳有机物料，其功能是改善土壤肥力，提供植物营养，提高作物品质。适用于以 畜禽粪便、动植物残体和以动植物产品为原料，并经发酵腐熟后制成的有机肥料。
生物有机肥
（NY-884-2012）-行业标准
指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无日夏养花网害化处理、腐熟的有机肥料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。

1、生物有机肥：
以优质有机肥为原料，添加大量具有固氮、解磷、解钾功能的有益微生物。富含农作物生长所需的氮、磷、钾、氨基酸等营养元素及中微量元素、土壤活化剂、植物根系生长素等；具有促进根系发育和植株生长，提高植株抗病、抗逆性，提高果实品质和产量等特点。
有益微生物可在作物根系形成优势的有益菌群，能抑制有害病原菌繁殖，增强作物抗逆抗病能力，减轻作物因连作造成的病害，降低发病率；同时增强作物对不良环境的综合防御能力。含有的硫、镁、钙、硅、锰、锌、铁、硼、钼等多种植物生长所需的微量元素和氮磷钾及氨基酸等营养元素，可改善作物农艺性状，使作物植株健壮、叶色浓绿、开花提前；提高作物品质，坐果率高，果实饱满、无畸形、色泽鲜艳、口感好、商品性高，提早上市时间。有效活菌数≥0.2亿/克，有机质≥40%
2、精制有机肥
由优质畜禽粪便经添加微生物沃宝发酵剂高温发酵生产而成。无害化程度高，产品中含N、P、K和中微量元素等有机营养,养分均衡；含有的有机质、腐植酸等可改善土壤理化性质,提高土壤保肥、保水能力。产品中有机质达30%以上，氮磷钾总养分含量在5%以上。
本品添加的微生物发酵剂，在快速生长代谢过程中产生的高温，可有效杀灭有机肥粪便中的病毒、病菌、虫卵等有害物质，分解有机肥中的纤维素、半纤维素、木质素，并将大分子有机物分解为有利于作物吸收利用的小分子速效养分，发酵后大量的有益微生物可改善土壤中微生物环境,提高土壤活性,活化土壤养分,促进作物生长,增强作物抗病、抗寒、抗逆性,有效抑制土壤中有害病菌的繁殖和滋生, 产生的多种氨基酸能提高作物抗病能力，促进作物的生长，提高作物品质和产量。含量：N+P+K≥5% 有机质≥45%　水分≦30%，PH:5.5-8.5
3、生物菌肥
在生物有机肥中再次添加具有防病防虫功能的微生物沃宝防土传菌剂和具有提高肥料利用率的沃宝功能性生物菌种制成的生物菌肥。微生物菌种数量达到十多种，形成了强大的复合微生物菌团，且该肥富含作物所需的氮磷钾、氨基酸等多种营养元素及钙、镁、铁、硼等多种中微量元素。
所含多种功能性微生物，其中的固氮菌、解磷解钾菌可激活土壤中的氮磷钾等养分，使作物充分吸收利用，提高肥料利用率，降低化肥使用量；所含的防虫、防病微生物菌剂能有效抑制土壤线虫、土壤真菌日夏养花网病害和地下害虫等病害的发生；富含的特殊菌群对作物的重茬现象有很好的调节作用。该肥料中有益微生物的活动，提高了土壤活性，改善土壤微生物群系，改良了土壤环境，减少病虫害侵染源，遏制病虫害的发生。对地下害虫和土传病害有较好的防治效果。能增加作物的抗病、抗逆能力，显著提高作物品质和产量。主要指标：有效活菌数≥1亿/克 有机质≥40％
4、主要区别在于有机肥添加菌的菌的含量，目前常见的有机肥添加菌有沃宝功能性菌剂和沃宝防土传病害菌。沃宝功能性菌：采用多种具有固氮、解磷、解钾功能的微生物菌种，经www.rixia.cc科学配方及最新生产工艺复合而成。沃宝防土传菌：可抑制土壤中有害微生物的放线菌，以及可寄生在土壤中根结线虫、胞囊线虫的真菌等有益微生物。
5、希望能帮的上你

生物菌肥含有功能菌和有机质，能改良土壤，促使被土壤固定的养分释放。生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活
有机肥主要来源于植物和(或)动物,施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料.经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工而来，消除了其中的有毒有害物质，富含大量有益物质，包括：多种有机酸、肽类以及包括氮、磷、钾在内的丰富的营养元素。不仅能为农作物提供全面营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性

微生物菌肥是在有机肥的基础上增加了有益微生物的肥料，有益微生物主要包括固氮、解磷、解钾、抗病源菌、抗重茬之类的菌株，不同品牌的微生物菌肥具有的功能也不尽相同。从登记程序来看，微生物菌肥需要到农业部登记，有机肥在省土肥站就能登记。

微生物肥料是大家目前经常接触到的一种肥料，那么微生物肥料究竟有什么作用？有哪些分类？如何才能达到更好的效果？今天我们就来聊一聊微生物肥料的话题。

微生物肥可兼具肥料与抗病的功能，前者主要是增加营养来源（例如固氮、加速有机质分解）、有效性（溶解被固定的磷、钙、镁等），及促进吸收的作用；后者则是根圈保护的作用。

微生物肥料是以土壤有益菌的概念采用“人海战术”的方法，将大量有益微生物施用于根圈内，借由竞争养分的原理，抑制有害微生物的族群而产生拮抗的作用。

微生物肥料的分类

从微生物肥料的组成不同，可分为3类：微生物菌剂、复合微生物肥料和生物有机肥三类。

按照微生物的www.rixia.cc功能不同又可分为以下6类：

固氮菌：分为共生型、协生型和非共生型三类，前者如豆科植物的根瘤固氮菌，固氮量高；后者属游离性固氮菌，固氮效率差。溶磷菌：可溶解土壤中不易溶性的结合磷，如磷酸铁、磷酸铝（酸性土壤）和磷酸钙（碱性土壤）。菌根菌：增进根系吸收磷素，可抗旱、抗病。分解菌：促进有机物的分解，提供作物养分。聚合物分泌菌：分泌多醣类，增进土壤团粒。生长激素合成菌：分泌生长激素，增进作物生长。

如何使用微生物肥料

微生物肥料的使用方法很方便，只要将种子、作物根部或小苗直接与接种剂充分接触即可。一般微生物肥料的剂型可分为液体和固体，液体者可采用幼苗接种法、种子接种法、以及种植后的接种法或直接灌入土壤中的方法施用，固体者则以幼苗接种法与种子接种法施用。而为了使微生物肥料发挥最大的功效，必须注意以下事项：

土壤不能太酸或太碱：土壤pH小于5或大于7.8均影响各种营养的吸收及有效性，对于微生物肥料的发挥将受到限制。因此土壤pH值若太高或太低，须先作改良。配合微生物繁殖的场所：微生物肥料是活菌，施入土壤后需要繁殖生存，其中最佳生存之处是根圈，因此施在根上的效果最佳，若微生物肥料在稀释液中添加少量腐植酸、糖蜜或营养剂，将有助于微生物的繁殖及生存。配合作物的需求：各种作物在不同生长期中对不同微生物肥料的需求要配合，微生物肥料的接种愈早愈好，以幼苗接种最有效。若多年生果树则在生长期重视增进氮及磷功能的菌种，中果期则重视增进磷功能的菌种。微生物肥料的品质要求：微生物肥料是活菌，因此，接种剂的品质要求菌数要维持，菌的活性要高，要能适应本土环境及杂菌要少的要求。

微生物接种剂的保存方法及注意事项如下：

低温保存阴凉处保存避免与有毒的农药混合使用，特别是杀菌剂。

微生物接种剂的品质要求如下：

菌数要多菌的活性要高适应性要高杂菌及杂质要少

总之，从事种植的朋友就是要和土壤及作物做朋友，充分了解土壤和作物的特性，才能作正确的肥培管理。土壤中的微生物彼此有制衡的作用，因此施用微生物肥料不是施一次就可一劳永逸，而是每年都要施用，才能使土壤的菌相渐渐恢复健康状态，通常单一菌种的产品无法达成效果，必需使用复合菌种。而且也没有所谓的万能肥料，千万不要被广告噱头所蒙蔽。