如果公司购进并销售苗木的，可以开增值税专用发票，是可以抵扣的；如果是自产自用的，是无法开具增值税专用发票的，那就不能抵扣。

根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十五条　下列项目免征增值税：

（一）农业生产者销售的自产农产品；

（二）避孕药品和用具；

（三）古旧图书；

（四）直接用于科学研究、科学试验和教学的进口仪器、设备；

（五）外国政府、国际组织无偿援助的进口物资和设备；

（六）由残疾人的组织直接进口供残疾人专用的物品；

（七）销售的自己使用过的物品。

除前款规定外，增值税的免税、减税项目由国务院规定。任何地区、部门均不得规定免税、减税项目。

第二十一条　纳税人发生应税销售行为，应当向索取增值税专用发票的购买方开具增值税专用发票，并在增值税专用发票上分别注明销售额和销项税额。属于下列情形之一的，不得开具增值税专用发票：

（一）应税销售行为的购买方为消费者个人的；

（二）发生应税销售行为适用免税规定的。

扩展资料：

《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第三十五条　条例第十五条规定的部分免税项目的范围，限定如下：

（一）第一款第（一）项所称农业，是指种植业、养殖业、林业、牧业、水产业。

农业生产者，包括从事农业生产的单位和个人。

农产品，是指初级农产品，具体范围由财政部、国家税务总局确定。

（二）第一款第（三）项所称古旧图书，是指向社会收购的古书和旧书。

（三）第一款第（七）项所称自己使用过的物品，是指其他个人自己使用过的物品。

参考资料来源：百度百科——中华人民共和国增值税暂行条例

如果公司购进并销售苗木的，可以开增值税专用发票。如果公司是自用的或者用于工程的不能开增值税专用发票。是自用的，那就不能抵扣的。

增值税发票抵扣税，不能抵扣出现金。销项税额就是别人买东西，开给别人的发票上的税额，是要交的税。有了多少进项税，就可以少交多少税。每个月销项税额-进项税额的差额，就是要交的税。

对于增值税专用发票通常有两种称呼，以“十万元”为例，分为：“十万元版”和“限十万元版”。其中，“十万元版”不含税价款可超过人民币十万元，而“限十万元版”不含税价款不得超过人民币十万元。在日常工作中，要注意区分。

对既不符合作废条件，同时购买方又未收到的增值税专用发票出现开票有误的情况，开票方只能是在规定的期限内，自己向主管税务机关申请并按规定重新开票。《国家税务总局关于修订增值税专用发票使用规定的补充通知》规定了以下两种情况：

（一）因开票有误购买方拒收专用发票的，销售方须在专用发票认证期限内向主管税务机关填报申请单，并在申请单上填写具体原因以及相对应蓝字专用发票的信息，同时提供由购买方出具的写明拒收理由、错误具体项目以及正确内容的书面材料，主管税务机关审核确认后出具通知单。销售方凭通知单开具红字专用发票。

（二）因开票有误等原因尚未将专用发票交付购买方的，销售方须在开具有误专用发票的次月内向主管税务机关填报申请单，并在申请单上填写具体原因以及相对应蓝字专用发http://www.rixia.cc票的信息，同时提供由销售方出具的写明具体理由、错误具体项目以及正确内容的书面材料。

参考资料来源：百度百科-增值税专用发票

如果你们公司是购进并销售苗木的，可以开增值税专用发票。如果你们公司是自用的或者用于工程的不能开增值税专用发票。