盐城在远古代是陆地，后陆沉变为滨海平原。建国后，大丰西团一带出土的古陆生物化石可以考定，盐城至少在二、三万年前即已成陆。阜宁县羊寨一带的石器、骨器的发现，表明至迟在四千年前的新石器时代晚期，盐城境内就有靠渔猎为生的原始部落群活动的踪迹。远在西周初年，鲁侯伯禽令奄民南迁，途中有部分奄民留在盐城一带定居，可以说这是盐城早期的开拓者。
周以前为淮夷地；周时，淮海维扬州，故属扬州，春秋时属吴，后属越。战国时属楚。秦代属东海郡；西汉初为射阳侯刘缠封地。
汉武帝元狩四年（公元前119年），汉廷将古射阳县（今宝应县一带）东部靠黄海的一部分划出来单独设县，因这里遍地皆为煮盐亭场，到处是运盐的盐河，置盐渎县，属临淮郡，东汉属广陵郡，这是盐城置县的开端。
三国时属魏，废县制；西晋又复县制属海陵郡。
东晋义熙七年（公元411年），盐渎县改名盐城县，此为现名之始，盐城之名使用至今。
南北朝属陈国时，建盐城郡；陈灭，隋大业初废郡复为盐城县，属江都郡；隋末，韦彻据盐称王，分为新安、安乐两县，唐初复置盐城县属江都郡；五代十国南唐时属泰州；宋代属淮南东路楚州；南宋绍兴三年复属泰州，后属宝应州。
元初盐城属江北淮东道，至元中属河南江北行省淮安路，元末为张士诚所据。
明初属直隶应天府，后属南京（南直隶）淮安府。清初属江南省，康熙六年江南省东西分省划归江苏省，仍属淮安府。
民国二年（1913年），废府，各县直属省管，时盐城县属江苏省。
民国三年（1914年），实行道制，盐城属淮扬道。
民国十六年（1927年），国民政府成立，废除道制，设立行政督查区，江苏省第六行政督察区驻盐城县，为首县，辖盐城，东台，兴化，阜宁4县。
1946年盐城城区一度改名为叶挺市，1949年恢复原名。
1949年4月21日，成立苏中人民行政公署盐城专区，辖滨海（由原阜宁、涟水、灌云3县各一部分地区组成，县人民政府驻东坎镇）、涟东（为原涟水盐河以东的部分地区，县人民政府驻大程集）、阜宁、淮安、射阳（由原阜宁、盐城的串场河以东，射阳河以南的部分地区组成，县人民政府驻合德镇）、建阳（由原阜宁、盐城的串场河以西及皮岔河以北的地区所组成，县人民政府驻湖垛镇）、盐城7县。专员公署驻盐城县。 1950年1月11日，原泰州专区的东台、台北2县划归盐城专区。同年撤销涟东县，并入淮阴专区的涟水县。
1951年7月11日，台北县因与台湾省台北县（今新北市）重名改名为大丰县，建阳县与福建省建阳县（今南平市建阳区）重名改名为建湖县。盐城专区辖8县。
1952年，苏北（苏中）行署区，苏南行署区与南京市合并恢复江苏省建制，并于1953年正式合并成立。
1953年1月1日，江苏省人民政府成立，设江苏省盐城专区。盐城专区辖滨海、阜宁、淮安、射阳、建湖、盐城、大丰、东台8县。
1954年，将淮安县划归淮阴专区。盐城专区辖7县。
1966年，以滨海县中山河以北地区设响水县（驻响水镇）。盐城专区辖8县。
1970年，盐城专区改称盐城地区，辖响水、滨海、阜宁、射阳、建湖、盐城、大丰、东台8县。
1983年实行省管市，市领导县的新体制，撤销盐城地区和盐城县，设立地级盐城市，下辖城区、郊区2区和响水、滨海、阜宁、射阳、建湖、大丰、东台7县。
1987年后，东台、大丰先后撤县设县级市，1996年，郊区撤销，设立盐都县。2003年，城区更名为亭湖区；亭湖区辖原盐城城区以及原盐都县的步凤、伍佑、便仓3个镇，区人民政府驻人民中路。撤销盐都县，设立盐城盐都区，以原盐都县潘黄、大纵湖、北龙港、楼王、学富、义丰、尚庄、葛武、北蒋、秦南、龙冈、郭猛、大冈13个镇的行政区域为盐都区的行政区域，区人民政府驻潘黄镇。2007年，江苏省政府批复，同意将盐城亭湖区张庄街道办事处划归盐都区管辖。
2010年，随着盐城城市规模的不断扩大，故将亭湖区、盐都区部分区划做调整，亭湖区撤销伍佑镇，设立伍佑街道办事处，将南洋镇西半部乡镇组建新城街道办事处，盐都区撤销潘黄镇，设潘黄、盐龙街道办事处。2014年7月19日，以划出原新都街道的福才、刘朋、万胜、新伙、福利、野丁、兴民、伍康、兴城9个居委会区域，另设立盐渎街道办事处。
2015年，经国务院批准，撤销县级大丰市，设立大丰区。至此盐城市下辖3个区、1个县级市和5个县。