根据吴征镒（1979）植物区系分区，属于泛北极植物区，中国-日本森林植物亚区，华中植物地区。本区属于中国-日本森林植物区系的核心部分，主要特点是木本植物，特有孑遗种属植物丰富。保护区有5000多种植物，古生植物250多种，特有植物136种，稀有濒危植物82种，珍贵植物30种。其中，国家一级保护的有银杉、水杉、珙桐、人参、刺桫椤；二级有银杏、水青树、鹅掌楸、独蒜兰、野生茶、篦子三尖杉、杜仲、连香树、福建柏等；三级有领春木、天麻、红豆树、云南七叶树、穗花杉、黄枝油杉、金钱槭、厚朴、楠木、八角莲等。银杉、方竹、大叶茶、杜鹃王、银杏被称为“金山五绝”。金佛山由于海拔较高，山地各部位的气候，土壤比较复杂，加上长期以来或多或少受人为活动的影响，因此本山植被类型较多。主要有亚热带常绿阔叶林，常绿阔叶与落叶阔叶混交林，山地矮林，亚热带针叶林，灌丛，草甸等六大植被类型。其中，亚热带常绿阔叶林是该区水平地带性最重要的植被，也是垂直地带性的基带植被。金佛山自然保护区植物种类十分丰富，有不少是中国特有植物和珍稀濒危植物。据报道，目前金佛山有记载或已经发现的植物已达294科1588属5600余种。共分布有种子植物183科1256属4764种，野生种子植物达160科1111属4093种，其中模式产地植物347种，地方特有植物136种。金佛山珍稀濒危植物的组成分析通过调查统计并依据1987年公布的中国珍稀濒危植物名录，确认金佛山自然保护区内有47种珍稀濒危植物（包括栽培种），隶属于32科43属。从受威胁的程度来看，濒危种有5种，稀有种有18种，渐危种有24种。
从保护级别看，
一级保护植物有4种，二级保护植物有16种，三级保护植物27种。中国的珍稀濒危植物种类1987年公布的中国珍稀濒危保护植物，是从中国自然生长的蕨类植物，裸子植物和被子植物中选择确定的。共有389种（其中有1个亚种，24个变种），包括蕨类植物13种，裸子植物71种，被子植物305种；其中定为濒危的种类121种，稀有的种类110种，渐危的种类158种；其中列为一级重点保护的有8种，二级重点保护的有159种，三级重点保护的有222种。植物受威胁程度的划分任何内外因造成生存与繁衍受到威胁的植物种都称之为受胁种（Threatenedspecies），根据所受威胁程度和状况的不同，可以分为以下五种情况：
灭绝的种类（Extinctspecies）灭绝的种类是指在历史上有过记录，甚至数量曾经很多，但因很多原因，现在其分布区范围内，已经找不到天然生长个体的那些种类。在某些区域内，由于环境急剧的改变，导致许多适应能力较弱的植物不能生存而绝迹，如中国许多模式标本的产地，现在已很难找到那些物种。要弄清楚一个物种是否在整个分布区范围内已经灭绝，必须开展较深入的研究才好确定，往往要经过多次调查才能确信已经绝灭。濒危的种类（Endangeredspecies）濒危（即临危）的种类是指其物种自然种群的数量已很少，它们在脆弱的生境中受到生存的威胁，有走向绝灭的危险，可能是由于生殖能力很弱，其数量减少到快要绝灭的临界水平，或是它们所要求的特殊生境被破坏，或被剧烈的改变已经退化到不能适宜它们的生长，或由于过度开发，病虫害等原因所致，即使致危因素已经排除，并采取了保护恢复措施，数量仍然继续下降或尚难恢复的物种，如水杉，水松，银杉，杜仲等植物。渐危的种类（Vulnerablespecies）渐危（即脆弱或受威胁）的种类是指目前还未处在濒危的状态， 由于人为或自然原因，在其分布范围内，已经看出其种群有走向衰落的迹象，如发育不完整，不是成熟的植物就是幼株正在减少或缺乏。如果对其生长和繁殖的不利因素继续存在的话，例如过分的利用或其生境遭到广泛的破坏， 它完全可能在不远的将来，变成濒危的种类。稀有的种类（Rarespecies）稀有的种类是指分布区比较狭窄，生态环境比较独特或者分布范围虽广但比较零星的那些种类，当前虽然远没有处于濒危或渐危的状态，但是，由于分布上的局限，分布区内只有很少的群体，或由于存在于非常有限的地区内，可能很快地消失，或虽有较大分布范围，但只是零星存在的种类，只要其分布区域发生对它生长和繁殖不利的因素，就很容易造成渐危或濒危的状态，而且比较难以补救。高山，深谷，海岛，湖沼上的许多植物常属于这一类。
金佛山自然保护区分布有许多重要的珍稀濒危植物，不仅是宝贵的种质资源，具有十分重要的经济意义，而且在植物分类学与地理学研究中具有重要价值，如银杉，1990年出版的《银杉生物学》已对该物种的发现，分类，地理分布，资源，形态学，生物生态学等方面作了详尽的报道。一些学者对金佛山的植被类型，森林植被的群落系数，山地常绿阔叶林等作了具体的研究。目前尚未见对金佛山自然保护区珍稀濒危植物的全面报道。
（一）珍稀濒危植物区系的主要特征
（1）地理成分复杂，具有明显的温带性质，金佛山自然保护区的43属珍稀濒危植物分别属于8个分布区类型.可以归并成第1类世界分布1属1种，即蒙古黄蓍；第2，5，7类热带成分12属13种，如红豆树，天麻，穗花杉，巴东木莲等，占总属的28.57%；第8，9，14类温带成分17属20种，如华榛，黄连，峨眉黄连，厚朴，鹅掌楸等，占总属的40.48%；第15类中国特有分布13属13种，占总属的30.95%。因此，金佛山自然保护区的珍稀濒危植物以温带成分为主。
（2）植物区系古老
金佛山自然保护区属于中国-日本森林植物亚区的核心部分，这是一相当丰富和古老的植物区，特别表现在区系的古老性方面，即该区保留了很多第三纪甚至更古老的孑遗植物，如银杉，水杉，穗花杉，福建柏，鹅掌楸，珙桐等珍稀濒危植物。古老孑遗植物和珍稀濒危植物较多是此区的一个显著特点。
（3）特有植物分布和热带亚洲分布占优势 在金佛山自然保护区的43属47种珍稀濒危植物中，中国特有分布属，种的数量最多，为13属13种，分别占属，种总数的30.95%，28.26%。特有的珍稀濒危植物有银杏，银杉，水杉，青檀，杜仲，金钱槭，伯乐树，银鹊树，珙桐，明党参，猬实，独花兰，金佛山兰。该区是银杉和金佛山兰的为数极少的零星分布区之一。金佛山自然保护区珍稀濒危植物中热带亚洲（印度-马来西亚）分布有8属9种，分别占属，种总数的19。05%和19。57%，居第二位。热带亚洲成分有福建柏，穗花杉，舌柱麻，巴东木莲，长瓣短柱茶，云南山茶花，胡豆莲，龙眼，木瓜红，这些种为热带亚洲植物区系的研究提供了极为宝日夏养花网贵的材料。
（4）单型属，少型属较多
金佛山自然保护区珍稀濒危植物的各类成分中，单型属（所在属仅含1种），少型属（所在属含2～3种）有19属，占属总数的44。19%，而以中国特有分布型最为集中，共13属，占属总数的30。23%。它们大多是经过第四纪冰期作用后残留下来的古老属。
（二）珍稀濒危植物的初步评价
根据拟订的定量评价指标体系，经过认真研究，计算出各种植物的蕴藏系数，濒危系数，遗传损失系数，利用价值系数，保护等级系数，生境类型系数，然后按公式计算出综合评价系数。由于栽培种在评价时难以真正说明其稀有程度，不能反映该地区珍稀濒危植物的分布情况。根据评价结果，按照综合评价系数值的大小得出金佛山珍稀濒危植物的优先保护序列，排在前面的表示该种植物应优先进行保护。其顺序为：银杉，珙桐，巴东木莲，银叶桂，独花兰，银杏，杜仲，连香树，水杉，伯乐树，青檀，鹅掌楸，金钱槭，金佛山兰，峨眉黄连，福建柏，银鹊树，篦子三尖杉，云南山茶花，木瓜红，黄杉，厚朴，天麻，紫斑牡丹，槿棕，穗花杉，柔毛油杉，凹叶厚朴，华榛，红豆树，珊瑚菜，白辛树，黄牡丹，黄连，胡桃，长瓣短柱茶，延龄草，八角莲。
（三）金佛山珍稀濒危植物与植被的关系
本区以裸子植物为主形成的亚热带针叶林，多数是常绿阔叶林受人为破坏后的次生类型。本区亚热带针叶林的建群种为马尾松（Pinusmassoniana），但随着海拔高度及岩性等因素不同，马尾松常与其他建群种形成不同的共建种群落，如马尾松和柏木（Cupressusfunebris）的混交林，也有纯的马尾松林，还有以银杉为主的混交林。尤其是银杉林群落应高度重视，银杉在第三纪时的地球上曾有过较广泛的分布，现在处于濒临灭绝的边缘，在该区，主要分布在东南的中长岗和西部北坡的老梯子，由于银杉数量少，种子产量不多，繁殖困难，容易遭到绝灭，因此，应加大力度进行研究，以期能通过人工繁殖，大量繁衍后代。其他的珍稀濒危裸子植物多分布在针阔叶混交林中。
被子植物是本区各种植物群落的重要成分。
常绿阔叶林和常绿阔叶落叶阔叶混交林是较为重要的两种植被类型。组成常绿阔叶林的主要有山毛榉科，樟科，杜英科，山矾科，山茶科，紫金牛科，杜鹃花科，忍冬科等种类。常绿阔叶落叶阔叶混交林在此区分布较为广泛，以榆科，小檗科，桦木科，槭树科，蔷薇科，山毛榉科等种类为主。此区中的绝大多数珍稀濒危植物分布于这两类群落中，如华榛，连香树，青檀，杜仲，银叶桂，金钱槭，伯乐树，珙桐等等。此外，在山地矮林和灌丛中也分布有少量的珍稀濒危植物。金佛山自然保护区的珍稀濒危植物分布于各种植被类型中，要保护各种珍稀濒危植物，就应首先保护好其生存的自然环境和各种生物群落。
（四）珍稀濒危植物的保护利用对策
植物濒危的原因是多方面的，有自然历史的原因，有物种本身的原因，还有人类的影响。人为因素可以概括为两个方面：一是过度地采收利用，许多植物是很有价值的药用植物，花卉植物，木材植物以及重要的工业原料植物，如杜仲，天麻等植物，由于过分采收，其天然分布的已不多见。二是生境遭到破坏，每种植物都要求它所需要的相应环境，环境遭到破坏，它实际上也就失去了立足之地，近年来，金佛山加大了旅游业开发力度，生态环境遭到一定程度的破坏，环境保护已显得十分紧迫。虽然金佛山自然保护区的珍稀濒危植物种类较多，但是绝大多数种类个体数量较少，分布区狭小，容易遭到灭亡的威胁。因此，加强对珍稀濒危植物资源和物种多样性的保护，是当前环境保护的重要课题。首先，应做好就地保护工作，加强自然保护区的建设和资源的有效管理，保护好濒危植物的生存环境。第二，积极开展人工繁育和迁地保护工作。第三，通过各种途径的宣传教育，增强人们的生态意识。这样，才能真正达到保护和永续利用珍稀濒危植物的长远目标。 保护区兽类150多种，鸟类114种，爬行类19种，两栖类14种。保护区国家一级动物有金丝猴、金钱豹、华南虎、龟纹豹、黑叶猴、云豹；二级有猕猴、穿山甲、林麝、大灵猫、小灵猫、白冠长尾雉、红腹角雉、黑熊。保护区内中国特产动物种类较多，如：金丝猴、白冠长尾雉、红腹锦鸡、洒红朱雀、红点齿蟾等。洒红朱雀
鸟纲、雀科，朱雀属。雄鸟头颈、背部羽毛主要为鲜红色，两翼深褐色，尾羽暗褐色。胸部羽毛绯红色，雌鸟体羽为橄榄褐色，胸部两胁具灰色条纹。雄鸟体羽以红色为主。主食树木及杂草的种子。

金佛山位于重庆南部南川区境内，融山、水、石、林、泉、洞为一体，集雄、奇、幽、险、秀于一身。这里风景秀丽、气候宜人，旅游资源丰富，以其独特的自然风貌，品种繁多的珍稀动植物，雄险奇特的岩体造型，神秘而幽深的洞宫地府，变幻莫测的气象景观和珍贵的文物古迹而荣列国家重点风景名胜区和国家森林公园之列。

金佛山，又名金山，古称“九递山”，属大娄山山脉，由金佛、箐坝、柏枝三山等100多个峰组成。主峰风吹岭，是大娄山脉最高峰。

金佛山就如高昂的龙头雄踞在这条山系的北端，每当夏秋晚晴，落日斜晖把层层山崖映染得金碧辉煌，如一尊尊金身大佛闪射出万道霞光，异常壮观而美丽，“金佛山”也因此而得名。

山上珍稀动植物种类繁多，植物多达5000多种，其中银杉、银杏、大叶茶、方竹、杜鹃王树属国家一类保护植物，被誉为“金山五绝”。

金佛山属典型的喀斯特地质地貌，由于特殊的地理位置和气候条件，在古老的时代，缓冲了第四纪冰川的袭击，完整地保持了古老而又不同地质年代的原始自然生态，山势雄奇秀丽，景色秀美迷人。

金佛山属亚热带湿润季风气候，具有冬短、春早、夏长，雨热同季、气候垂直变化明显的特点。由于特殊的气候条件，时而云雾走了又来，云海波涛翻滚，时而雨过天晴，云、雨、霞、雾、雪、风形成了独特美丽的奇光异彩气象景观，形成了许多优美的水体景观以及飞流直下三千尺的龙岩飞瀑和三层瀑。

古老原始的地质条件、自然资源和温润的气候条件，创造和繁衍了无数珍贵的生灵，是一座品种繁多，珍稀集中的生物宝库。

植物群落由于地势高差大，呈垂直带分布，亚热带针叶林、针叶与阔叶混交林、落叶阔叶与常绿叶林、原始森林、平竹林、草甸均有特殊风貌；古稀植物呈区域性分布，组成罕见的古稀植物群落景观，层次分明，高大乔木林下是大片方竹林及各类灌木丛。

丰富的植物资源，养育了众多的野生动物。其中有很多珍惜禽兽，约占四川省保护动物一半以上。属国家一级保护动物的有金钱豹、华南虎、龟纹豹、红腹角鸡、黑叶猴等二级保护的有猕猴、穿山甲、毛冠鹿、林麝、黑熊等；三级保护的有小灵猫、朱雀、太阳鸟、金画眉、橙足鼯鼠、南狐等。